Pada mulanya, kebaktian Gereja Karunia boleh dikatakan merupakan kebaktian keluarga, karena dihadiri oleh keluarga Bpk. Pdt. Simon Chuang, dan kadang-kadang ditambah dengan beberapa kenalan dekat. Tempat kebaktiannya di tempat kediaman Pdt. Simon Chuang di Jl. Kartini Raya no. 10 A.
Pelayanan Gereja Karunia yang pertama adalah pelayanan kepada anak-anak Sekolah Minggu, karena TUHAN membukakan pintu pemberitaan Injil kepada murid-murid TK dan SD Kristen Karunia, yaitu dengan berdirinya Sekolah Kristen Karunia pada tanggal 26 September 1966, yang waktu itu baru jenjang TK dan SD. Maka pada hari Minggu pertama bulan November 1966, dimulailah pelayanan Sekolah Minggu Gereja Karunia. Setiap hari Minggu, Ibu Deborah sebagai guru SM satu-satunya pada waktu itu juga menjemput anak-anak tetangga di sekitar Jl. Kartini.
Pada tahun 1967, putra sulung Pdt. Simon Chuang, Ev. Moses Muljadi, yang telah menyelesaikan studi Teologinya di Alliance Bible Seminary di Hong Kong, pulang ke Indonesia untuk bergabung dalam pelayanan Gereja Karunia sebagai penginjil.
Sebagai wadah persekutuan dan pembinaan jemaat sesuai kebutuhan usia, dibentuklah berbagai perhimpunan, yaitu:
- Perhimpunan Remaja Pertama (PRP) pada Minggu ketiga Oktober 1967 untuk melayani remaja jenjang SMP.
- Perhimpunan Pemuda (PP) pada Minggu kedua November 1967. untuk mahasiswa dan pemuda yang belum berkeluarga.
- Perhimpunan Remaja Atas (PRA) pada Minggu kedua Maret 1973 untuk remaja SMA.
- Perhimpunan Kaum Dewasa (PKD) pada Jumat ketiga September 1981 untuk paruh baya sampai lansia.
- Perhimpunan Dewasa Muda (PDM) pada Minggu ketiga Juni 2003 untuk pasutri muda sampai usia sekitar 60 tahun.
Pada tahun 1968 TUHAN memberikan gereja kita tempat kebaktian yang baru, sebuah rumah tua di Jl. Gereja Ayam no. 12, yang kemudian direnovasi menjadi ruang kebaktian yang memadai.
Pada bulan Desember 1975, Ev. Moses Muljadi ditahbiskan menjadi pendeta yang pertama di Gereja Karunia. Ia kemudian menggantikan ayahnya sebagai gembala sidang. Pdt. Simon Chuang tetap aktif dalam pelayanan sampai awal tahun 1979 saat beliau kena stroke. Beliau dipanggil Tuhan pada tanggal 2 April 1995. Sedangkan pendeta Moses Muljadi menjabat sebagai Gembala Sidang sampai akhir hayatnya, tanggal 12 Juli 2012.
Pada masa awal berdirinya Gereja Karunia, kita bernaung di bawah KINGMI (Kemah Injil Gereja Masehi Indonesia) Wilayah Jawa Sumatera. Pada tahun 1982, Gereja Kristen Karunia Indonesia menjadi gereja yang independen, dengan dibuatnya akta notaris, dan sudah terdaftar di Departemen Agama.
Perintisan Pos Pemberitaan Injil/Pembinaan Iman (Pos PI) dimulai pada tahun 1987. Pos PI pertama didirikan di Purwokerto, Jawa Tengah, yang saat ini sudah didewasakan menjadi jemaat cabang. Dua pos lainnya, masing-masing di Surabaya, Jawa Timur, dan Tangerang, Banten. Selain itu, Gereja Karunia juga memiliki satu sister church, yaitu International Grace Christian Association (IGCA) di Atlanta, Amerika Serikat.